;; Masterfile automatically created by stad2mf version 7.1 ;; 06-Dec-96 10:31:30 1 contigs 547 readings 54178 bp 227722 raw langf ;; ;; DEFINITION Rhizopus oryzae mitochondrial DNA, complete genome ;; KEYWORDS small, structured, repetitive mobile elements; ;; groupI introns; intronic orfs; tRNAs; ;; universal translation code. ;; atp6,atp8,atp9(1 intron),cob(2 introns),cox1(3 introns), ;; cox2(1 intron), cox3(1 intron),nad1,nad2,nad3(1 intron), ;; nad4,nad4L,nad5,nad6 ;; rnl,rns, orf200,orf211,orf292,orf376 ;; 24 tRNAs (18 with scan); trnI(ATA) is missing and there are no ATA ;; codons !!!! ;; overlapping genes nad4L/nad5 and nad2/nad3 ;; long conserved stretches ;; Hind III : 8.800 7.500 5.400 5.100 5.000 3.800 3.300 2.800 2.500 ;; 2.200 1.700 1.550 1.450 900 ;; SOURCE Rhizopus oryzae ;; ORGANISM Rhizopus oryzae ;; REFERENCE 1 (bases to ) ;; AUTHORS Paquin,B., Forget,L., Roewer,I. and Lang,BF. ;; TITLE Molecular phylogeny of Allomyces macrogynus: congruency between ;; nuclear ribosomal RNA- and protein-based trees ;; JOURNAL J. Mol. Evol. (1995) In press ;; REFERENCE 2 (bases 15012 to 19727) ;; AUTHORS Paquin,B., Roewer,I., Wang,Z. and Lang,BF. ;; TITLE A robust fungal phylogeny using the mitochondrially encoded nad5 ;; protein sequence ;; JOURNAL Can. J. Bot. 73, S180-S185 (1995) ;; REFERENCE 5 (bases 1 to 57473) ;; AUTHORS Paquin,B. and Lang,BF. ;; TITLE The mitochondrial DNA of Rhizopus stolonifer: the first complete ;; genomic sequence from a zygomycete fungus. ;; JOURNAL unpublished ;; ;; FEATURES ;; /organism="Rhizopus oryzae" ;; /cell_line="DAOM 148428" ;; /mitochondrion ;; /shape="circular" ;; /sequenced_mol="DNA" ;; /complete ;; /translat_table=1 ;; BASE COUNT ;; ORIGIN 50 bp upstream of rnl >1464gs6 1 TTTTTAATAAATAGATAAATAAAATAAGTATCCAATAATGATATGTAATG ; G-rnl ==> start 51 TATTACCAAGATGAAAAAGGGACTATCGGGAATGACTAGCCAATACATCCAAAGGAGGTA 111 GTTATACCAAAAATCGTAATGAATGATTTGATAATTACGATAATCCTAAGGGAAACCAAT 171 TTAATAATAACTCTACGAACTGAAACATCTAAGTAGTAGAAGGAAAAGAAATCAACCGAG 231 ATCCTGTTAGTAGTGGTGAGCGAAAGCGGGTTAGCCTATTTTTTAGTGAGTTTCAAAGGC 291 GAAAGTCTTTGGAACTCAAATTTTATTATAATTTGTTTGGAATGACAAACCATAGAGGGT 351 GAAAGTCCCGTGATAAAAAAATTAGTCCTGTATTTAATAATGCGGGCTTACTAAAAATAG 411 TAAGTAAGATGAGAGATAACTTGTCTGAATATAGGGGAACCATCCTCTAAGGCTAAATAT 471 GATGTATTGAGCGATAGTGAAGAGTACCGTGAGGGAACGTTGAAAAGAAAGTAGATAACT 531 GGTGAAAAGATCCTGAACCGGTAGTTCTATAAGCAGCAGGAATCTTAGTTTAAATACAAG 591 ATGACTGCGTACCTTTTGCATAATGGGTCAGCGAGTTAATCTGTGGTGCAAGTAGAAATA 651 CTTAGCGAAAGCGACTACGTTAAATGGGTAAGTACCATGGATTAGACCCGAAACCAGGTG 711 ATCTTATCATGACCAGGTCATTAAGGACCGAACCAGTGTTTGTGGCAATAAACTTGGATG 771 AGTTGTGATAAGCAGAGAAAGTCAAATCTGACCTGGAGATAGCTGGTATTCCGCGAAACA 831 TATTTTGGTATGTTGTCCTTCGTATCTGTAAACTGGTACAGCACTGGATACTATGTCCCT 891 TGTGGACTTGATTGGGGGGTCGTGATGGCTCTATCAATAGAATCGGTTGTAAAACCGATT 951 CCCAAACATTTTTGTTTGGGAATCTAACCTCGGAATGGTTTATAGTTAATAAAGGACGGT 1011 CAGACTATAGGTGCTAAGGTCTTTAGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGAACAAAAATTAAGG 1071 TCCCTAAATACTACTAAGTGAAATTAAGGTAGTCCATAAAATTACACAACCATTCGGTGG 1131 GCTTGGAAGCAGCCATCCGTTAATGAAAGCGTAATAGCTCAATGGTCTGTAATAATAAGT 1191 TTTAAGGGCACCGACAATGTATCGGGTCTAAGTAGTATACCGAGATTTTGTCCCAATGGA 1251 ATTAATTCCATTGGAGGGTAGCGGAACACTCAGGACATGGTTGAAGGATAGGGTTTCCTT 1311 ATCTGGACATAACTGAGGAGAGAATGCTGACATGAGTAACGTAAAAGTGGGTAAGATCCC 1371 ACTCGCCGAAAGCAGAAGGGTTTCATGGCTGGGCTCAACCTCCATGAGTAAAGTAACGGC 1431 CTCTAAGGTTTTTTAACAATCGGTCATAAATAATAGCACTATTACCCAAAAGGTGTAGTG 1491 TTATTTATTTGTGATTTTTTAAGATTGGAACCCCGATAGGGGTAACCGATGAGAAAAACT 1551 GATTTAAATAACAATTTTAAATTTATACATATCGGTAACGGTATAGTTGTAATTTAAAAT 1611 TCAGGAAATGATTTACCTCGCACGGCGGCACCATTTAGGTGTCATTCCGCGCGGGGCTGA 1671 TATTTAACCGTACCCTAAACCGACACTGGTCTGCTGGTAGAATATACCAAGGCGTTGAGC 1731 GAATCATCTTGAAGGAACTCGGCAAAATGACCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTACGACT 1791 TTTATGGTCGTGGCACAGAATAGAAGAGTACGACTGTTTACTTAAAACACAGGTCTTTGC 1851 TAATAGGAAACTAGATGTATAAAGACTGATACCTGCTCAGTGCTGGTAAGTCAAGAGAGG 1911 TACTAATACGGTACTGATTGAACCTCCAGTAAACAGCGGTTGTAACTATAACGATCCTCA 1971 GGTAGCGAAATACCTTGGCCACTAATTATGGTCGTGCATGAATGGTTTAACGATACTCTT 2031 ACTGTCTCCAAGATGAGCTCAGTGAAATTGAATTATCCGTGCAGATGCGGATTACCATTA 2091 GCTAGACGGGAAGACCCTATGCAGCTTTACTGTAGTTAGTCATTGTGTGCTTATAATTAA 2151 GGTGTAGAATACAAGGGAGTCGATTAGACATCAGTGAAATACCTTGACTTAATTAGGAGC 2211 ATGCTAAACCAAATTTTTGGGACAGTGATTAATGGGCAGTTTATCTGGGGCGGATTTCTC 2271 CCATATAGTACCGGAGAAGTACAAAGGTCGGCTTAAATCCGATGGAAACGGATGGGCTAA 2331 AGAGAGCCTAATTAAGTGTAATGGCATAAGCCGGCTTAACTGTAAGACCCACAAGTCATA 2391 CAGATACGCAAGTAGGTCATAGTGATCCGGTGGTCCATTATGGAATGGCCATCGCTCAAC 2451 GAATAAAAGCTACGCTAGGGATAACAGGCTGATCAATCCCGAGAGTCCATATTGACGGAT 2511 TGGTTTGGCACCTCGATGTCGACTCATCACATCCTGGGGGTGTAGGCGCTCCCAAGGGTT 2571 CGGCTGTTCGCCGAGTAAAGTGGTACGTGAGTTGGGTTAAGTACGTCGTGAGACAGTACG 2631 GTTCCTATCTACTAATGGAATTAGAATCAAACAAGAACCTGCCCCTTGTACGAGAGGATC 2691 GGGGTGGACTAATCTCTGGTATACCAGTTATTGTTTCTTTCCCTTTTGGGATGGGTACAG 2751 TACGGCTGGAAAGCTACATTAGGAAGGGATAACTGCTGATAGCGTCTTAAGCGGGAAGCC 2811 TGTCTTGACATGATTCTTTAATAGAGTGACTGTAGATCACAGTCTTAATAGGTTGCAGGT 2871 GTAAGCGGAGTAATCCGTTAAGCTGGGCAATACTAAATTCTTAAGTAACTTGGTAATA ; 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