;; Mucor circinelloides mtDNA ;; 31,831 nt, circular mapping; assembly provided by Jeremy Schmutz (rt-org_alan@cuba.jgi-psf.org) ;; Gene and intron annotation by B. Franz Lang; masterfile format ;; (more human readible, allows automated conversion to GenBank format and creation of genetic maps) ;; Using in-house developed automated tools: ;; mfannot for overall gene and intron annotation (unpublished) ;; RNAweasel for structured RNAs such as tRNAs, rRNAs, introns, DHE elements, P RNAs ..... ;; Version May 2008 ;; Sequence was reformatted to start upstream of rnl (to facilitate genome comparisons) ;; a few manual corrections applied (rnl and rnpB extremities) ;; ;; Masterfile modified automatically by mfannot version 2.27 ;; on Fri Apr 3 12:05:43 2009 by user langf on host omarsosa ;; - Gene Totals: 38 ;; - List of genes added: ;; atp6 atp8 atp9 ;; cob cox1 (1 intron) cox2 ;; cox3 nad1 nad2 ;; nad3 nad4 nad4L ;; nad5 nad6 orf120 ;; rnl rnpB rns ;; trnA trnC trnD ;; trnE trnF trnG ;; trnH trnI trnK ;; trnL trnM trnN ;; trnP trnQ trnR ;; trnS trnT trnV ;; trnW trnY rnpB ;; ;; end mfannot ;; ;; rnpB sequence of this Mucor species differs in several places from M. mucedo published in Seif et al. ;; mtDNA contains only one intron, much less than in zygomycete relatives. ;; Its group I intron is inserted in cox1 at a position not occupied in Rhizopus oryzae and Phycomyces blakesleeanus, and contains no orf for intron mobility ;; Note that intergenic regions are shorter than in other zygomycetes, containing ;; only few GC-rich DHE elements that occur in a variety of fungal mtDNAs. ;; DHE predictions (using a global structural model developed from below species, cutoff < e-02): ;; Phycomyces: 64 ;; Rhizopus oryzae: 8 ;; Mucor circinelloides 2 ;; Allomyces: 48 ;; Monoblepharella: 109 ;; Schizosaccharomyces octosporus: 5 ;; Harpochytrium94: 1 ;; Spizellomyces punctatus: 30 ;; Saccharomyces cerevisiae: 43 >Mucor circinelloides mtDNA 1 TTAACTATGTCAAGGGGCAGCTATGCAGCCCTTTGGCGCTGTTAATTAGGTTTACTCGGG 61 GCATTTGCCCCGCGGACCTAATTGGTTAATATTACCAGGGCCCGGGCGGCTAAGCCGCCC 121 GGATCTCTTACCCCGGTGGTGCTACGCGCCACCGGGGCTCTTAATTGAGTGTTAACTTAG 181 GGGTTATTAAATATAATCCCTAGATCCTCGGACCGCATTGCGGCCCGCGGGACAGACCCC 241 ACGCGCTACGTGCGCGGGGTTTTGGAATCTAATATACTATATTCTTGAAAGGTACTGCCA 301 ACCAGTATTCTAGAATACGGAAAGTCAAAGGTCTTAAAAAGACTGAATCAAGATAAAACT 361 TTCCAAAAGCTCGCCAGGCGGATTTGCCCTAGATGAGGTTCAATATTTTAGACTATAGTA 421 TAACCCCTGATCATAATCGGGGAAGTTTAACTTACCTTTTCGTGGTAGATTCTATAAGTA 481 CCATAAATTAATGGGAAACTAAATAGTTAAAATTAATATATAATATATATAGGTACTAGT 541 AAAGTATTAAGGCAGGTTAAACCTGCCTAATCAATTTGCGAATTAAATAAATATCATTAC 601 TAAAATATAAACCCCTTAATATTAAATTATATTACTCTCTACTCTTGCAATTATTAGGAT 661 AGCAAAACAGTTTAAGAAATAAGGACCCGCCAGGCGGGCCTAGGTGTGGTATAATTTAAT 721 AATTCTATGTAAATAACGAGTTAACATTGGTTATTTTTAATAAAACTATTAATAAAATAA 781 GTATCAAATAATGATATGTAATG ; G-rnl ==> start 804 TATTACCAAGATGAAAAAGGGACTATCGGGGATGACTAGCCAATACATCCAAAGGAGGTA 864 GTTTATACCAAAATTCGTAATGAATGATTTAATAATTACGAAAATCCTAAGGGAAACCAA 924 TATAATAATAACTCTACGAACTGAAACATCTAAGTAGTAGAAGGAAAAGAAATCAACCGA 984 GATCCCGTTAGTAGTGGTGAGCGAAAGCGGGTTAGCCTATTTTCTAACGGAATGGTTTAC 1044 CATTCCGTGAATTTCCATCTTTGGTGGAAATTAAAATTAAATTATAATTTGTCTGGAATG 1104 ACAAACCATAGAGGGTGAAAGTCCCGTAATAAGATAAATTAGAAAAGTAGTAAGTAAGAT 1164 GAGAGATAACTTGTCTGAATATAGGGGAACCATCCTCTAAGGCTAAATATGATGTATTGA 1224 GCGATAGTGAAGAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAAAGTAAGTAGGTAACTGGTGAAAAGA 1284 TCCTGAACCGGTAGTTCTATAAGCAGCAGGAATCTGAGTTTAAATACAAGATAACTGCGT 1344 ACCTTTTGCATAATGGGTCAGCGAGTTAATCTGTGGTGCAAGTAGAAATACTTAGCGAAA 1404 GCGACTACGTTAAATGGGTAAGTACCATGGATTAGACCCGAAACCAGGTGATCTTACCAT 1464 GACCAGGTCATTAAGGACCGAACCAGTGCCTGTGGCAATAGGCTTGGATGAGTTGTGGTA 1524 AGGGGTGAAAGGCCAATCTAACCTGGAGATAGCTGGTATTCCGCGAAACATATTTTGGTA 1584 TGTTGTCCTTCGTATCTGTAAACTGGTACAGCACTGGATACTATGTCCCTTGTGGACTTG 1644 ATTGGGGGGTCGTGATGGCTCTATCAATAGAATCGGTTATTTAACCGATTCCCAAACATT 1704 TATTGTTTGGGAATCTAACCTCGGAATGGTTTACAGTTAATAAAGGACGGTCAGACTATA 1764 GGTGCTAAGGTCTTTAGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGAACAAGAATTAAGGTCCCTAAAT 1824 ACTACTAAGTGAAATTAAGGTAGTCCATGAAATTACACAACCATTCGGTGGGCTTGGAAG 1884 CAGCCATCCGTTAATGAAAGCGTAATAGCTCAATGGTCTGTATTTATAAGTTTCAAGGGC 1944 ACCGACAATGTATCGGGTCTAAGTAGTATACCGAGATCTTGTCCCAACATTATAAAGAAT 2004 GTTGGAGGGTAGCGGAACACTCAGGACATGGTTGAAGGATAGGGTTTCCTTATCTGGACA 2064 TAACTGAGGAGAGAATGCTGACATGAGTAACGTAAAAGTGGATAAAATCCCACTCGCCGA 2124 AAGCAGAAGGGTTTCATGGCTAGGCTCAACCTCCATGAGTAAAGTAACGGCCTCTAAGAT 2184 TTTTAAAGCTCTATATGAGTGAACTCCGATAGGAGTAATCGATGAGAAAAACTAATTTAG 2244 ATAACAGTTTTAATATTAATCTATATCAGTAATGGTGTAGTATTAGTTTAAAATTCAGGA 2304 AATGATCTAATTATTTAACCGTACCCTAAACCGACACTGGTCTGCTGGTAGAATATACCA 2364 AGGCGTTGAGCGAATCATCTTGAAGGAACTCGGCAAAATGACTCCGTAACTTCGGGAGAA 2424 GGAGTACGATTTTTATGATCGTGGCACAGAATAGAAGAGTACGACTGTTTACTTAAAACA 2484 CCGGTCTTTGCTAATAGGAAACTAGATGTATAAAGACTGATACCTGCTCAGTGCTGGTAA 2544 GTCAAGAGAGGCACTAATACGGTGCTGATTGAACCTCCAGTAAACAGCGGTTGTAACTAT 2604 AACGATCCTCAGGTAGCGAAATACCTTGGCCACTAATTATGGTCGCGCATGAATGGTTTA 2664 ACGATACTCTTACTGTCTCCAAGATGAGCTCAGTGAAATTGAATTATCCGTGCAGATGCG 2724 GATTACCATTAGCTAGACGGGAAGACCCTATGCAGCTTTACTGTAGTTAGTCATTGTGTG 2784 CTTATAATTAAGGTGTAGAATACAAGGGAGTCGATTAGACATCAGTGAAATACCTTGACT 2844 TGATTAGGAGCACGCTATACGGAATTATTCCGGACAGTGATTAATGGGCAGTTTATCTGG 2904 GGCGGATTTCTCCCATATAGTACCGGAGAAGTACAAAGGTCGGCTTAAATTGGATGGAAA 2964 CCAATGGGCTAAAGATAGCCTAATTAAGTGTAATGGCATAAGCCGGCTTAACTGTAAGAC 3024 TGACAAGTCATACAGATACGCAAGTAGGTCATAGTGATCCGGTGGTCCATCATGGAATGG 3084 CCATCGCTCAACGAATAAAAGCTACGCTAGGGATAACAGGCTGATCAATCTCGAGAGTCC 3144 ATATTGACAGATTGGTTTGGCACCTCGATGTCGACTCATCACATCCTGGGGGTGTAGGCG 3204 CTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGAGTAAAGTGGTACGTGAGTTGGGTTAAGTACGTCG 3264 TGAGACAGTACGGTTCCTATCTACTAATGGAATTAGAATCGGACAAGAACATTACTCTAG 3324 TACGAGAGGACCGAGTGATATGAACCTCTGGTATACCTGTTATTGTTTACTACCTATTTT 3384 AGGTCTGTTACAGTACGGCAGGAAAGCTACGTTCAGAAAGGATAACTGCTGATAGCGTCT 3444 TAAGCGGGAAGCCCATCTTGACACGATTCTTTATTAGAGTGACTGTAGATCACAGTCTTA 3504 ATAGGTTGCAGGTGTAAGCATAGTAATATGTTAAGCTGGGCAATACTAAATTCTCAAGTA 3564 ACTTGGTAATA ; G-rnl ==> end 3575 ACATATCATCAAATATATCAAACGATATACATATCTAAAGGTTTTATACTTTAGTGATAT 3635 ATTCGGGGCTCGTCCCCTTAATCCTCGAGTCCCAGGCTTCGCCTGGAAACTTAATTATTT 3695 AAAGTGAATAACAGTGTCCCTTTCATATTATTGTGGAACATGATAATTGAACACTGTTAT 3755 TCGACAAGAAATGGATAATAAATACTGGTCCCGCGCGTAGCGCGGGTCTGTCAGAAGGGG 3815 CCCTGCTGGCCCTCATATTTTTAGATATGACAACACATAGCATTGTTTAAGTATCGGATA 3875 AATTATTTAATTAAATAAAAGTAATAA ; G-trnT(ugu) ==> start 3902 GTTGGCTTAGCATAATTGGTAATGCACTCGATT!TGT!AATCGAGGTAATAGTAGTTCAA 3960 TTCTACTAGCCAGCA ; G-trnT(ugu) ==> end 3975 TATATTTTAATAAAATGGGTAAGGCCCACTTCCGTGGGCCCTTGCCGGGGTTTAAAATTA 4035 AATAAGGGATACCTAGGGGGACTCAGCCCCTTAGGTCTTTAATCCCCTGAGTTGGATAGA 4095 GGCCCAAGTCAGATTCACCTGGTCAAAGCTCAGAAAGCTGAGCATTCCTTATGGAGAACG 4155 GCCTGCGGTTGCTCTCAGCTTTCTCGGGTTTAAT ; G-trnQ(uug) ==> start 4189 TGGGCTGTTGACTAATTGGTAAGTCACCGACTT!TTG!ATGTCGGCTAATGGGAGTTCGA 4247 GCCTTCCCAGCCCAG ; G-trnQ(uug) ==> end 4262 TAATTTAATAAAATATAGGCCGCGCTTTAGAATGCGATAGGTAAACTCCAGGGGCAGTGC 4322 CCGGTTTAGGGCTCTTTGGATTTTTTATA ; G-trnE(uuc) ==> start 4351 GACCTCATGGTACAATGGTTAAGACACCACAAC!TTC!ACTGTGGGAATATCGGTTCGAT 4409 TCCGATTGGGGTTA ; G-trnE(uuc) ==> end 4423 TTATTAATATAAGTAATGATAATAGGCAATATAACTAGATTACAATGTAATCTATGTGCC 4483 GTCTTGTAATTTCTCAACGGATTAATTCCGTATATTTCACAAATGTTTTATCTTAACTAG 4543 CCTTTGGCTGGATAAATAAAAAATT ; G-atp9 ==> start 4568 ATGGTAGCAGCAGCTAAAATTTTAGGAGCAGGATTAGCAACTATTGGACTAGCAGGAGCT 4628 GGAGTTGGAGTTGGATTAGTATTCGCAGCTTTAATTAACTCTACTTCTCGAAACCCTTCT 4688 CTACGACCTCAATTATTCTCTTACACAATTCTTGGGTTCGCTTTAACAGAAGCAATTGGT 4748 CTATTCGCATTAATGATGGCATTCCTATTACTATACGCAGCGTAA ; G-atp9 ==> end 4793 TTCGTTTCGATAGTAATAAGAGTTATACAAATTAATTTGTGTAATCATTATTAATTCTTT 4853 TCGGGTTCAATTTTTAACTAGATTGGGCCCCCTTTAGTAATTAAAGGAATTACTTATAGG 4913 GATAGGGTAGGATGCGTCCTGGGATTACTGGGGCAGGAATTTCATTTTTTTAGCTGTTGT 4973 GTGTCTGCCCCTTGTCCATGATTCTTAGTTAAAATGAGTTAAAAAAAAATCTATAATAAC 5033 CACAACAAAAATACCCATATTGATTTAACCTACGCATTATATGATGAGTCGAGTTTGGGC 5093 CCGCCTTGTCAGCGGGCCGTCCCCCTAATTACTCTACGACCTAACTCATCATGTTATATT 5153 TGCGTATTGGTTGGGTTATTTAAAAAAGGTATTTTAATATGGCTTCGCCGATATCTATTA 5213 TTAGATGTTTATTTATAACAGTTGTTTATTATAATAGGTTTTAATTTATTGGTCTTATTT 5273 TTATTTAGGTTTTTATTTATAAATAGGTTTTGATTAGGTGTGGGGGTGGTTATTCCTAGG 5333 GTAATCTAAAGTTTATATGTATTGTTAGTTAGAGTTTTTATATTCTGATACTCTTTCTAC 5393 AATATCTGGTACTAATAGGATCATTCCAATGCTAACAAAGTAAATAATTGCCATTACAAT 5453 TACTCTAGTCTTGCTTGAGTATGGATCAGTGTAGATTTTTCGCTATAGTGTATCAAATAA 5513 GAATAATAATCCAGGATTAGCAACAAATGGCAGAAGTGCGAATAGTAGTGCTTCTAGCAT 5573 GTATATATTCTAATTAATAAGTTAAGGGAAATATTCCATGACGAATCACAGATACATAAT 5633 ATAACAATAAAAACAATAATTACTGATATATTACTTATAATAGTATAAATAGGGTTTTAT 5693 ATACAGGGTCCTAGCTTAATAAGACCCTTGATTATGTTAACTCAATGTTAACCCAATGTT 5753 AACTCATAATTTATTTATCAAGGAATTACTGGTAAAATGCTAACTATGCTAACTATGTTA 5813 ACCTTTTCTAAAACTTTTGGGGAAAATTTATTAATAATTTAAGAATAAAAAGATTCGAAC 5873 TTTTATCATAAGATACGCAATTCTTATATTTACCAGTTAAACTATACTTCTATTTATAAA 5933 ATAATCTATATAGGCTCGGGTTAAAAATAAGAGGTAAGGTTCACTAAATAAAATGAAACT 5993 AATAATTATATTTAGTAAAATATAAGTAACAAATAAGATTTTAATTTATAATATCTTCTA 6053 TTCCATCTATGATTCAGTAGAAGAGGAGATCAACGATCTCTCCAAATTATAATA ; G-rns ==> start 6107 GTAAGTAAAAATTTAAACTTAGTTTCGAGTGAATGCTATCTAGGGACTTGACACATGCGA 6167 GTCGAATGCGGAATACTTGTATTCTGACATGGCGAACGGGTGAGTAATGAATAGGCAAGC 6227 TACCCATAGGATTGGTGGAATACCAAATATTGAAACGGATTAATTCCGCCTATGGATGTA 6287 CCTATTGAATAGATTAGGTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGCCAATGATCTATAGT 6347 TGGTCTGAGAGGACGATCAACCACAGTGGGAATGAGAAAGGCCCACACGAGCAAAGTATC 6407 GGCAGCAGTGCGGAATCTTGGTCAATGGCCGAAAGGCTGAACCAGTCACCTAGAAGGACG 6467 GATACATTAATTTGATAAAGTCCTAACGGAAAGGAGGATAATGACTGTACTTTCCTATTA 6527 ATCCCGACCAATCTCGTGCCAGCAGTCGCGGTAATACGAGAGGGGTAAGCATTATTCATC 6587 ATTAATGGGTCTAAAGGGTACGTAGGCTGTATCATAAGACTGAAAGGTATCGAACTAAAT 6647 GAATAAGAGCTTTTCAGTAACTATGAAACTAGAGTGTAATGGAGGAAAGAGGAACTCCGA 6707 GAGTAGGGATGGAATCTGTTGATCCTCGGAAGACCGCTTAAGGCGAAGGCTTCTTTCTAA 6767 CTAAACACTGACGCTGAGGTACGAAAGTATGGGGAGCAAAACGGATTAGAGACCCGTGTA 6827 GTCCATACCGTAAACGATGAGTGCCTTAGATTGGTTATTAATCAGTCTATAAATGTAGAT 6887 TAAAGCACTCCACCTGGGGAGTACTGCCGCAAGGTTGAAACCCAAAAGTATAGAGGGTCT 6947 TGAAAACCAGCAGTGAAGCATGTTGTTTAATGTGATGATCCGCACAACATCTTACCACTC 7007 CTTGAATGCTACACAGGCGTTGCATGGCTGTCTTCAGTTCGTGTCGTGAGATGTAAGGTT 7067 AAGTCCGCATAACGAACAAAACCCTTGCAACTAGTTAATATCTAGTTGAGCATCCAGTGA 7127 TAAACTGGAATAATTAGGACTAAGACAAGCCCTCATGGCCCTTATGGAGTGGGCTACAGA 7187 CGTGCAGCTAGGGGGAATACAAAAGGATCCAATAAGGTAACTTGGAGGTAATCCCCAAAT 7247 TTCCCCTTTGTGGATTGAGCTCTGTAACTCGAGCTCATGAATTAGGAATTGCTAGTAATC 7307 GTGAATCACCACGTCACGGTGAAATTAAAGCTTCAAGATCTACTAACTGCCTGTCACGGG 7367 CTGGGAGTAAGCTATACCTGAAGTTGTCTAAAGACATCCAAGGATAGTAAACGACTGGTC 7427 TGAAGTCATAACAAGGTAGCCGTTCGGGAACGAGTGGCTGAATGGTTATTACC ; G-rns ==> end 7480 GGGGGGACAATAAGTCCCTCCCCCAATAACTTAAACCCTTTATTTTATATTATAAGGAGT 7540 AGATCCTAGTCCCGCGCGCAGAGCTGACCAGCGGAGCCGCGTAGCGGCTCCACGGGCTAG 7600 AGTTTAATACTAAATATTCATTTTCTTAAGGTGATAAGACTATATTTTTATTATATTTAC 7660 TATGAGATTAATCAAGGCCTCGGGTCGCCCCGGCGGGCCTATTTATTTTTATAGATATAA 7720 ATAGTCCAGTCTGGCTATTCTATTACAAAGGGTTTATATTATAGAGCATGCGAGTCCGCG 7780 TCTTCTAGATTTATTAAGGTTAGCCCTTTTGTTATGTTAAATTTCTATAGTTGAAATAAC 7840 TGTGTTCCTTTCATATAATTATGAAACATAATTATTGAACTCAGTTATTTAAATTAGACT 7900 AACCACCTCCTTATTGTAAACCCTATAATAATATATATTATTATTACCCCCTACGCTCTT 7960 ATTATTATAAAGGTTATTGTTAAGGGGGTGGTTATTTATTTAATTAGATTGAGTTGGTAA 8020 TTCAGAATATA ; G-cox2 <== end 8031 TTAGGCTTGCTCGTTTAACCAAGCTAAGTATTTTTCTAATGATACTGCTTCTACAGCAAT 8091 AGGCATGAAACCGTGGTGTACTCCACAAATTTCTGAACATTGTCCGTAGTAAACTCCTTC 8151 TCGTTCAACTAAAACAGAAGTTTGGTTTAGTCGTCCAGGAATAGCATCAATTTTAAGTCC 8211 TAAAGAAGGAACAGCAAATGAATGAATTACATCCGCTCCTGTTACAATGAATCGAATGTG 8271 AGTTCCTACTGGAACTACAACTCGGTTATCTACTTCTAAAAGTCGTAATTGTCCATCTTC 8331 TAAGTCATCTGTTGGAACTAAGTAAGAATCGAATTCAATAGATTCTCCATCTTCGTTAAC 8391 AAAATCAGAGTACTCGTAAGACCAATACCATTGGTGTCCTAATGCTTTAATAGTCATAGC 8451 AGGATCAATTACTTCATCCATTAAGTATAATAATTTGAAACTAGGGAAAGCAATTGCAAT 8511 TAATACAAAAGCTGGAGTAATAGTCCAAATTAATTCAATTAAAGTACCATGGTTGTGGTA 8571 TTTGTAAACAATTTGGTTTTTGTTAGAACCAAAGTTTACAATAATTGAAGTTAACATCCA 8631 AGCAACTCCAAATAAAATAACTACTAGATAGAACATAATTTGATCATGTAATTCTACAAT 8691 TCCTTCGAACGAAGGTGATGCACCATCTTGGAAAGTCCATTGCCAAGGCTCAGGAGCATC 8751 ATTCCATACAGGAGAAATGATATTTAATGATTTAAGCATATTTAACAT ; G-cox2 <== start 8799 AAATTCTTATGAACGATATCCCTTAGATAAAATTAATATATTGTATATTTTATATAATAT 8859 ACGTCGTATTAATTGATAATTATTTATTACCATCAATTAATATAATATCAGAGACAAAAT 8919 AACTCTGACCCCAAAGTTTTAGATAAACCCTGGCTATACCCGTAGCCTTAAATATCGGAT 8979 TATGAATATCATAACTTAATTTAAGATAAGGAGCGCTTGGCGCTCCTTATCAAGAACGGC 9039 TTACGGCCGTTCTCGACGAACGGTCTTGAAATAATGAATAATAATGTTTACACATTATTA 9099 TTATTA ; G-atp6 <== end 9105 CTAGTGTAGATCGATAGCATCTTTTAAGTAAGAACAAGTTAAAATTGTAAATACGTATGC 9165 TTGTAAGATAGCAATACCAAATTCTAATCCAGCTAAAGCTGTTAAGAATAATAGAGGTAA 9225 TAGACTAACTAATAATAATACAGGTCCTGCAACTACCATTTTCCATGTGAATGTAGAAAT 9285 AATTTTTAATAGAGAGTGTCCTGCAATCATATTAGCACCTAATCGAACACCTAAAGAAAC 9345 AGCTCGAGCTAAGTAAGAAATTAATTCAATAGCTACTAATAAGAATACTAATGCTAAAGG 9405 AGTACCAGCTGGAATGAAGAATGCGAAGAATCCTAATCCATGTCGTTGGAATCCAATGAT 9465 AGTAACTCCAATTAAGATAGCTGTTGCTAAACTCATAGTTAATACTAAGTGAGAAGTAGT 9525 AGTGAATGAGTAAGGTACTAGACCAACTAAGTTACTAATTAAAACAAAATTGAATAAAGC 9585 AAAGATGAATGGAACATAAACTTCGTTTTTTGGTCCAATTTGCTCTCGAACTAGATTTAA 9645 GATAGATCCGTATACAGATTCAGAATGAATTGCCCATCGAGAAGGAATAACGTATCCGTT 9705 ATTTCGAGATAGAACATTCATACCGATAGTGATAGCCACTACCATAATTAAATAGAATCC 9765 GATATTAGTTAAAGATAATTTAGTAAATCCGAAGATTGGAGCTAAAATGAAAACAAAATC 9825 ATTAATTTCAAATTGCTCTAGAGGGTTATTAACTAAGAAAGTTGTAGCTAAAGTTGACAT ; G-atp6 <== start 9885 TTTTATTTATTTATCAGTGCTTTTTTATCGAATCGGTACCTCTAGTCCTCAAGTACCTTG 9945 CGGCTAATACCATTAATCTAATTAATGGTATTGTAGAGAGAGAGGACGGATGCATAGCAT 10005 CAATCCAGTTAAGACTATGGTTAAACAAGGTCAGATAAACTAACCTGAACTACTTAAGTA 10065 TTAACTAGACTACTACATAATTATTATATAATATATATTAAATAATAAAAAGAAGTAAGG 10125 CCACCTTACTTATAATTTATATAATCCCCTTTAATTACTAAAGGGGGTGGTTATTAATTA 10185 GTTTTATATAATTTATACAAAAACTTGCAAATCTTATATTTACAAAAATTTAAGTTATGA 10245 GAATTAGTCTCGACTTATGTCTTAACCCCAAGGTTAAGAGCATAAGCCTGCTAGACTCTT 10305 CCTAAGTTAATA ; G-cox3 <== end 10317 TTATCCTCCCCACCAGTAAACACTAATGAATAAGAATAACCAAACAACATCAACAAAATG 10377 CCAATATAGAATTGCTTGTTCGAATCCTAAGTGGTGGTGATCTGTTAAGTGGTATGATAA 10437 TACTCGGAATAATCCTACAGTTAAGAAAATTGTTCCTACAATAACGTGAATTCCGTGGAA 10497 TCCAGTAGCCATATAGAAAGTAGACCCGTATACACCATCACTGAATGTGAATGGAGCATT 10557 ATAGTACTCAAATGCTTGGAAACCAGTGAAAACTGCAGCTAAAGCTACAGTAGCGATTAA 10617 TCCGTAAATAACTCCTGCTCGGTTACCTTGGATTAGGCTATGGTGAGCATAAGTTACAGT 10677 AGCACCTGAAGAAAGTAAAATTACTGTATTAAGTAATGGTACTTCCCATGGGTTTAGTGT 10737 TTCAATACCAGCTGGTGGCCAGTGAGCACCTAATTCTACAGTAGGAGCTAATGATGAATG 10797 GAAGAATGCCCAGAAAATACTAATGAAGAAGAAAATTTCAGAAATAACAAATAGAACAAA 10857 ACCTAAACTTAATCCTTTTTGTACTGCAAAAGTATGGTGTCCTTGGAAAGTACCTTCTCT 10917 AGAAATATCTTTAAACCATAAAGTCATAGTAGAAACTAGAGAGATAAATCCAAGAGTTAA 10977 TAAGAATAAACCATTAGAGTATCCTTGGAATGTCATTACTCCTGATAGAGTAACTACTAA 11037 TAAAGAAAATGATACAGCAATTGGCCAAGGCGAAGCTTCAACTAAATGAAATGGATGCGC 11097 TTGAACTGATCTGTTCATAAATTTCGTTGTCAT ; G-cox3 <== start 11130 ACTGTATATGTAATTCCTATCATACATTTCTTGAGGCTAATACCCTAATACGTAGGCCCA 11190 TCGGGGCGAATATTCGCCCCAGATCAGAGCCTACGTCCAAGAAAAGTCAATAATTTATTA 11250 TTGAAATAGTAATATATCTCTTTTTAATACCCTTAGGCCGTGAAACGGCCCTGGACCATT 11310 TGAGGTAAATTATAACCAAGGGACCAAAGGTCCCCCTGCAAGAGCTCGCTACACGGGCCC 11370 TCGCCTCAATAGGCCTACCTAATTAATAATAAATATAAGTGGGAAACTAGTTAAATTTCG 11430 GAAAACCTAGCTATCTATATCTTAAATGATATTAGATACTAATAAATTAATTTTGTAAGG 11490 CAACGCCTGTCAATGCCAGAAATATAATATATATCTAGACAATAGTTATATATTATATAT 11550 AATATATATAACTATAATTAAGGTGAACCTATATTTTTAACCTTTACTTTTAATTTATTT 11610 AGTTTAGATACTTTATCTGGAACTCCTGATTGTTAAATTGATACTATAGCCAGGATAAAG 11670 TGGTGACTTCCTTGCGTTTTATAGGGCGAGGTTTATTTTCTTGTAGTTTACTAGGCTATG 11730 AATTCTAAATACTTAATATATCTGTGGGGTTTTATTTATTAGTACATCCTTTTTATCATA 11790 ATATTATTCTTAATAGATTTTCATTAAAAAGAGGTAATTAAAAGGTCTTTGCTTACCCAA 11850 AGGCTTTGGCCATGCAGAGGGCGCGGAGCGCCCTCCCGGCTACCAAATAATTATAAGTAA 11910 GGCAAAAGAGGCGTGTAGTGCTTCCGGCTCGACAAAATATAATTTTAAATCAGGAAACCT 11970 TAGATGGATACTGGTATATAGTATCAGATCTTCTGTTTGTTTTAAAGTCAAAGGTAGAAA 12030 ATACGTCACCTCTGAGGTATTATTA ; 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G-rnpB ==> end 13066 TAATTATATAAAGTAACTCAAGGAGGCATAGCTCTTGATCAAGCTTTTGAGCTTTAGACT 13126 TACGTTAAAGCAAAGGGCGGCTGTGCCGCCTTTATTTGGTTTAAACTGAGTTAACTTGCA 13186 ATTATTATAAATAAAAGAAACAAATATTTAATG ; G-trnM(cau)_2 ==> start 13219 GCCGGGATAATTTAATGGTAAAATGTTTATCT!CAT!ACATAAAGCTTGGAAGTTCAAAT 13277 CTCCCTCCCGGTA ; G-trnM(cau)_2 ==> end 13290 ATATTACCTTAATCGGGATAAATTGCCCGAGGTCAGACTCCTAGGCCTTAAATAGGTTAT 13350 CTATATAAGATCGAGGGATTATATTATTAAGTATCCGCTTTGCGGATTTACCTATTAATG 13410 TAAGGCAACCCTATGGATCATCGCCGACATAGTCGGCGTTGGACCTTTT ; G-trnL(uaa) ==> start 13459 GCTTACTTGGAGAAATTGGTAAACTCTCCGAATT!TAA!ACTTCGGTGCCGAGAGGCTTG 13517 TGGGTTCGAGTCCCACAGTAAGTA ; G-trnL(uaa) ==> end 13541 TATTATTTATTGTTCAAGGCAAATGTCTTTATGATAATTTGCCTTGGCATATTCAAAACC 13601 TTTAATTAATAATCGATTATGATTTAAATAAGGCGAGGGCCCGCGGAGCGGGCTCTTGCG 13661 GGGGGCCGGAGGCCCTCGGCTATAATAGAATATTTAGTTAACTAGAAGCTCTACAGGTCA 13721 ACCCACAAGAAACGGCCCTGTAAGCAAAGATGGCCGAAGGCCCTCTTGCCCACATTAATG 13781 TATGAGGCTTTTGCTTATTTATATAGTATAGCATTGTAAAACCTTTATTATCTTGTTCTT 13841 AATATAAGTAATAATAAAAAAAAGGATAATAACAACTTCTAAT ; 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